1、消化系统疾病及功能紊乱是可导致口腔溃疡的病因。患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡，主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。
2、内分泌变化。有些女性患者往往在月经期发生，可能与体内雌激素量下降有关。有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状。临床研究发现，月经期出现口腔溃疡的病因主要是由于体内黄体酮水平增高而雌激素的水平降低。
3、精神因素。有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下发病，可能与植物神经功能失调有关。
4、遗传因素也是引起口腔溃疡的病因之一。如父母双方均患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80— 90%患病，若双亲之一患此病时，其子女约有50—60%患病。
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